La chiesa originaria era una cappella nobiliare longobarda la cui datazione è da collocare nei primi decenni dell’XI secolo. Essa aveva un orientamento verso nord ed aveva le pareti dipinte con icone di santi, ancora oggi ben conservati sul lato nord est. Di questi dipinti, di cultura beneventana, sono riconoscibili solo due, San Bartolomeo e Sant’Andrea, mentre degli altri si individuano solo due metà ed una testa. Con la ristrutturazione del nuovo edificio, la disposizione dell’ambiente ipogeo subì un ribaltamento della pianta verso Est. In quella occasione le pareti furono anch’esse decorate con nuovi dipinti, raffiguranti San Lorenzo sul muro di collegamento tra le due absidiole, Santo Stefano nell’abside meridionale, due santi vescovi sulla parete meridionale (ora strappati e conservati presso il Museo Diocesano) santa Radegonda, dietro il pilastro meridionale, la Madonna Regina con due angeli nell’alveo della parete settentrionale. La loro datazione, in base a confronti stilistici, va collocata ai primi decenni del XIII secolo indicando così anche la cronologia dell’ultimazione della ristrutturazione dell’intero edificio con la costruzione della chiesa superiore.